Albini mong muốn sản xuất một đĩa nhạc nghe khác hoàn toàn Nevermind.[23] Ông cảm thấy âm thanh của Nevermind là "kiểu thu âm nhàm tiêu chuẩn đã bị biến thành một bản mix thân thiện với radio cực kỳ, cực kỳ dè dặt, dồn nén [...] Theo tôi, với một ban nhạc rock thì như vậy chẳng có gì đáng hãnh diện lắm." Thay vào đó, ông dự định sử dụng âm thanh tự nhiên và cảm tính hơn.[31] Albini không chịu ghi đè[ghi chú 4] phần hát của Cobain mà thu âm anh hát một mình trong một căn phòng dội âm tốt.[31] Nhà sản xuất nhận thấy sự mãnh liệt trong giọng Cobain ở một số ca khúc. Ông nói, "Có cái giọng cực kỳ khô khốc, cực kỳ lớn cất lên cuối bài 'Milk It' ... cả cuối bài 'Rape Me,' khi [Cobain] muốn tiếng hét của cậu ta át tiếng cả ban nhạc."[35] Albini thu lại tiếng trống thưa và mỏng của album bằng cách đặt nhiều micro quanh căn phòng nơi Grohl trình diễn, hòng tận dụng độ vang âm tự nhiên của phòng. Ông giải thích, "Nếu ta có một tay trống giỏi và cho anh ta ngồi trước một dàn trống nghe hay thì chỉ cần thu âm lại, thế là ta xong việc."[31]

Azerrad khẳng định trong cuốn tiểu sử xuất bản năm 1993 Come as You Are: The Story of Nirvana là âm nhạc của In Utero thể hiện những cảm xúc gay gắt và dễ gần riêng biệt, phản ánh những biến động Cobain trải qua trước khi hoàn thành album. Ông viết, "Ca khúc mang phong cách Beatles 'Dumb' vui vẻ cùng hiện hữu cạnh bức graffiti punk hết sức cuồng nhiệt 'Milk It,' còn 'All Apologies' thì khác ca khúc đầy phẫn nộ 'Scentless Apprentice' một trời một vực. Cứ như [Cobain] đã bỏ cuộc, chẳng buồn cố pha trộn bản năng punk và pop của mình thành một thể hài hòa nữa. Quên đi. Đây là chiến tranh." Tuy nhiên, Cobain lại tin In Utero "chẳng dữ dội hay đầy xúc cảm hơn chút nào" so với các đĩa nhạc trước của Nirvana.[36] Novoselic đồng tình với Azerrad là âm nhạc của album này nghiêng về "mặt nghệ sĩ, hung hăng hơn" của ban nhạc; tay bass nói, "Luôn có những bài [của Nirvana] giống 'About a Girl' và luôn có những bài giống 'Paper Cuts'... Nevermind thành ra hơi giống kiểu 'About a Girl' còn [album] này thì thành ra giống 'Paper Cuts' hơn."[37] Cobain gọi "Milk It" là ví dụ cho một phong cách âm nhạc mang tính thử nghiệm và mãnh liệt hơn mà cả nhóm dần hướng về trong khoảng vài tháng trước khi thu âm tại Pachyderm Studio.[38] Novoselic xem hai đĩa đơn "Heart-Shaped Box" và "All Apologies" là "cánh cổng" mở ra một âm thanh gay gắt hơn cho cả album. Anh nói với ký giả Jim DeRogatis là một khi người nghe bật đĩa nhạc, họ sẽ khám phá ra "thứ âm thanh mãnh liệt hoang dại này, một đĩa nhạc alternative thực thụ."[39]

Nhiều ca khúc của In Utero được viết trước khi thu âm vài năm, một số ra đời từ năm 1990.[40] Với những bài như "Frances Farmer Will Have Her Revenge On Seattle," Cobain thích đặt tựa dài để đáp trả các ban nhạc alternative rock cùng thời hay đặt tên bài hát chỉ có một từ.[41] Cobain tiếp tục viết lời bài hát khi thu âm tại Pachyderm Studio.[42] Tuy nhiên, Cobain kể với Darcey Steinke của tạp chí Spin vào năm 1993 là trái với Bleach và Nevermind, những lời nhạc này "tập trung hơn, gần như được xây dựng dựa trên chủ đề."[43] Michael Azerrad khẳng định lời nhạc của album này ít khái quát mà rõ ràng hơn những ca khúc cũ của Nirvana. Azerrad cũng để ý "[h]ầu như ca khúc nào cũng chứa hình ảnh bệnh tật và dịch lệ."[36] Trong một số ca khúc, Cobain đề cập đến sách anh từng đọc. "Frances Farmer Will Have Her Revenge On Seattle" được lấy cảm hứng từ Shadowland, cuốn truyện tiểu sử về nữ diễn viên Frances Farmer, người đã thu hút Cobain từ khi anh đọc cuốn sách thời cấp ba.[44] "Scentless Apprentice" nói về Mùi hương: Chuyện một kẻ giết người, cuốn tiểu thuyết lịch sử kinh dị kể về học trò của một nhà làm nước hoa sinh ra mà cơ thể không có mùi nhưng khứu giác lại rất nhạy, và hắn giết hại các trinh nữ rồi lấy mùi hương của họ hòng tạo ra "mùi hương tối thượng."[45]

Cobain bộc bạch trong một bài phỏng vấn với báo The Observer năm 1993 là "phần lớn [In Utero] không nói về bản thân tôi."[46] Cùng năm ấy, anh cũng giải thích với tạp chí Q là hình tượng thai nhi, sinh sản xuất hiện phong phú trong album và việc anh mới lên chức bố chỉ là trùng hợp.[47] Tuy nhiên, Azerrad lý luận rằng phần lớn album chứa nhiều chủ đề riêng tư, và nhận định Grohl cũng có cùng quan điểm. Grohl nói, "Nhiều cái anh ấy nói có liên quan đến nhiều chuyện nhảm nhí anh ấy từng trải qua. Và nó không còn là bất mãn của tuổi teen nữa. Nó là một thứ hoàn toàn khác: bất mãn của ngôi sao nhạc rock."[48] "Serve the Servants" chứa cảm tưởng của Cobain về cuộc đời mình, cả lúc bé lẫn lúc lớn. Dòng mở đầu, "Teenage angst has paid off well/Now I'm bored and old" (Nỗi bất mãn thiếu thời đã được đền đáp/Giờ tôi vừa chán vừa già), ám chỉ tâm trạng Cobain sau thành công của Nirvana.[49] Sự chú ý của truyền thông vào việc cha mẹ anh ly dị có ảnh hưởng thế nào đến anh bị anh gạt đi với dòng điệp khúc "That legendary divorce is such a bore" (Vụ ly dị huyền thoại ấy chán dễ sợ), và trực tiếp gửi cha mình lời nhắn nhủ "I tried hard to have a father/But instead I had a dad/I just want you to know that I don't hate you anymore/There is nothing I could say that I haven't thought before" (Con đã cố gắng để có một người cha/Thay vào đó con lại có một ông bố/Con muốn bố biết là con không còn ghét bố nữa/Còn gì để nói thì trước con cũng nghĩ cả rồi). Cobain muốn cha mình biết anh không ghét ông, nhưng cũng không muốn nói chuyện với ông.[50]

Theo ký giả Gillian G. Gaar, "Gallons of Rubbing Alcohol Flow Through the Strip" là kiểu chơi nhạc ngẫu hứng mà ban nhạc thường chơi trong phòng thu, nhưng những buổi thu trước đây không ghi lại vì "thời gian trong phòng thu đã dành để ghi những ca khúc cần thiết càng chóng càng tốt."[18] Bà viết trong ca khúc này, "Cobain xen kẽ những đoạn hát có vẻ rời rạc với những đoạn nói, còn Novoselic và Grohl thì đều đặn đệm nhạc nền, chốc chốc lại có tiếng guitar ồn ào chen vào."[18] Ký giả Everett True miêu tả ca khúc có cảm giác "dí dỏm," và "nhạc cụ cùng nhau chơi mèo đuổi chuột, gần như thách thức nhau bùng nổ cuồng nhiệt."[51] Novoselic nói ca khúc là ví dụ điển hình cho mỗi khi ban nhạc "quậy tào lao."[18]